Для соискателей премии действуют следующие ограничения:

• ученый или научный коллектив не вправе претендовать на премию за работу, за которую он уже выдвигался на соискание или удостаивался другой премии государственного или регионального значения;
• нельзя участвовать более чем в одной номинации;
• нельзя получить премию Правительства Москвы молодым ученым повторно.