С 1999 по 2006 годы выпускалась модификация ВАЗ 2104_5 с дизельным двигателем производства «Барнаултрансмаш», объёмом 1,52 литра. Неразрезной задний диван складывается, позволяя увеличивать объем багажника с 345 до 1340 л. На крыше возможно размещение длинного багажника. Полная загрузка ВАЗ 2104 составляет 455 кг.