Федеральное агентство железнодорожного транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере железнодорожного транспорта.

Основными функциями Федерального агентства железнодорожного транспорта являются:

- функции государственного заказчика по организации исполнения федеральных целевых программ в сфере железнодорожного транспорта и федеральной адресной инвестиционной программы;

- издание индивидуальных правовых актов в сфере железнодорожного транспорта на основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов и поручений Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации и Министерства транспорта Российской Федерации;

- оказание неопределенному кругу лиц имеющих общественную значимость услуг в сфере железнодорожного транспорта в соответствии с установленными федеральным законодательством условиями, в том числе:

организация перевозок опасных грузов;

организация работ по обязательному подтверждению соответствия продукции, работ и услуг, а также аккредитация испытательных лабораторий (центров), органов по сертификации.