Федеральная служба по надзору в сфере транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере воздушного (гражданской авиации), морского (включая обеспечение безопасности мореплавания и порядка в морских рыбных портах), внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного и городского электрического (включая метрополитен), промышленного транспорта и дорожного хозяйства, а также функции по техническому надзору за спортивными судами. Основными функциями в установленной сфере деятельности Федеральной службы по надзору в сфере транспорта являются:

- осуществление контроля и надзора за исполнением органами государственной власти, органами местного самоуправления, их должностными лицами, юридическими лицами и гражданами установленных законодательством Российской Федерации общеобязательных правил поведения;

- выдача разрешений (лицензий) юридическим лицам и гражданам на осуществление определенного вида деятельности и (или) конкретных действий;

- осуществление эксплуатационной сертификации в области гражданской авиации;

- регистрация актов, документов, прав и объектов;

- организация, проведение и участие в установленном законодательством Российской Федерации порядке в проведении расследований транспортных происшествий на железнодорожном, воздушном, морском и речном транспорте, а также участие в расследовании причин разрушений автомобильных дорог общего пользования и дорожных сооружений на них;

- издание индивидуальных правовых актов на основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, нормативных правовых актов Министерства транспорта Российской Федерации.